Le suivi des temps, indispensable pour justifier et sécuriser votre CIR-CII

Le crédit d’impôt recherche (CIR) rembourse 30 % des dépenses de R&D, jusqu’à 100 M€ de dépenses (5 % au-delà). Le crédit d’impôt innovation (CII) rembourse 20 % des dépenses d’innovation des PME depuis 2025 (30 % en 2023 et 2024). Mener un projet ambitieux ne suffit pas pour en bénéficier sereinement : il faut pouvoir justifier la réalité, la nature et le périmètre de chaque dépense déclarée. Pour les frais de personnel, cela passe par le suivi des temps.

Quel personnel peut être retenu dans le CIR ou le CII ?

Pour que le salaire d’un collaborateur entre dans l’assiette, trois conditions doivent être réunies :

1. Une participation directe aux travaux de recherche ou de conception de prototypes. Les fonctions support (RH, finance, commercial) n’en font pas partie.
2. Une qualification adaptée : chercheurs, ingénieurs, techniciens ou dirigeants impliqués dans la démarche scientifique pour le CIR ; profils techniques ou de conception pour le CII (développeurs, designers, chefs de produit…).
3. Un temps effectivement consacré aux travaux éligibles, mesuré et non estimé.

Pourquoi le suivi des temps est-il si important ?

Parce qu’il sert directement au calcul. Pour chaque personne, on retient la rémunération brute et les cotisations patronales obligatoires, puis on la proratise au temps réellement passé sur les travaux éligibles. Un ingénieur payé 60 000 € chargés qui consacre 40 % de son temps à un projet de R&D apporte 24 000 € de frais de personnel.

Pour le CIR, ce montant est en plus majoré d’un forfait de frais de fonctionnement de 40 % depuis 2025 (43 % auparavant). Le CII ne prévoit pas ce forfait. Une erreur sur le temps se répercute donc en cascade sur tout le crédit d’impôt.

La doctrine administrative est claire : le temps consacré à la recherche doit être établi avec précision et rigueur, toute détermination forfaitaire étant exclue. Un pourcentage « de principe » appliqué à toute l’équipe ne tient pas en cas de contrôle.

Quelles activités compter, et lesquelles exclure ?

Tout le temps passé sur un projet innovant n’est pas éligible. Le suivi doit distinguer les tâches qui relèvent de la recherche ou de la conception de celles qui relèvent de l’exploitation.

Pour savoir où passe la frontière côté CII, voir notre article sur l’innovation au sens du CII.

Comment mettre en place un suivi des temps efficace ?

Un bon suivi n’est pas un outil de surveillance : c’est une donnée de pilotage. Quelques principes suffisent :

• Par personne et par projet, avec un découpage qui reflète les phases éligibles et non éligibles ;
• Au fil de l’eau, chaque semaine au minimum, plutôt qu’une reconstitution en fin d’année ;
• Relié aux livrables : comptes rendus, tests, versions du prototype, qui prouvent ce que recouvrent les heures déclarées ;
• Cohérent avec la paie et les absences (congés, arrêts), pour que le total ne dépasse jamais le temps de travail réel.

Désignez aussi un responsable par projet, chargé de valider les saisies chaque mois. Les écarts se corrigent alors facilement, tant que chacun se souvient encore de ce qu’il a fait, et le suivi devient une habitude plutôt qu’une contrainte.

Aucun texte n’impose un outil particulier. Un logiciel de suivi des temps facilite toutefois l’enregistrement, l’historique et l’extraction des données, et rassure en cas de contrôle. À l’inverse, une déclaration appuyée sur des estimations globales s’expose à un redressement.

Qu’y gagne l’entreprise, au-delà du crédit d’impôt ?

• Un crédit d’impôt complet : aucune activité éligible n’est oubliée dans la déclaration.
• Une déclaration fiable, fondée sur des données et non sur des estimations.
• Un dossier défendable : l’administration peut contrôler le crédit jusqu’à la fin de la troisième année qui suit le dépôt de la déclaration, et elle demandera des éléments probants sur la mobilisation du personnel.
• Un meilleur pilotage : vous savez où vont réellement les ressources de vos équipes et ce que coûte chaque projet.

Le suivi des temps est l’un des piliers d’une démarche plus large : retrouvez nos conseils pour anticiper et sécuriser votre demande de CIR-CII.